Кратенькая статья как это сделать:
1. Создаем в корне диска “C” папку “USB”
2. Запускаем командную строку.
3. Вводим команду subst [имя диска] [путь к папке] (например, subst G: C:\usb), чтобы сопоставить путь к папке с именем диска.
4. Копируем закрытый ключ с флешки на только что созданный диск [имя диска].
5. Запускаем КриптоПро, копируем с диска [имя диска] в реестр контейнер ключа и устанавливаем в него открытый ключ.
6 Отключаем имя диска с помощью команды subst A: /d.